本剧场版紧接TV版第27话。在27话良太郎一行人为了追踪异魔神而回到过去，但他们却不知道自己已经落入了牙王的圈套。当良太郎等人消灭完异魔神并想回到Den-Liner的时侯，却发现Den-Liner已经被牙王劫持……　　众人被逼留在过去，最坏的情…

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故事发生在距现在不远的未来，我们人类所了解的世界看上去并没有发生太大的变化，但是近来世界各地不断有“异生兽”作乱的报告。为了暗中解决这个问题，成立了世界性的防卫组织TLT。他的日本支部被称为TLT-J。而TLT-J的下属组织就是夜袭…