故事讲述主人公樱田纯在收到“上发条，还是不上发条”的问题时，选择了“不上发条”，没有和第五人偶真红相遇，平凡度过了中学并考入大学。然而本不该存在蔷薇少女的这个平行世界，终于还是出现了真红的身影……

故事的主人公是附虫者的一人,代号隶属于政府不承认的特殊工作机关「特别保护环境事务局」(简称特环)，工作是附虫者的发现,监视,以及捕获.他的称号是　"火种一号　"是特环中最强的附虫者.打倒了许多同族的战士,但是他并不消灭…