星历4088年,人们引起了星系间的危机，失去了大多数的惑星。残存于星间殖民地的人类，将希望寄托在仅存唯一的惑星"ZION"上，但是ZION却被不明的外星生物"牺牲者"(威克提姆 Ｗｈｉｇｔｏｍ)所威胁，人们只好使用巨大…

　　某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了…

某日，双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍，一位名叫美色（三石琴乃 配音）的神秘人物忽然现身，紧接着，一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来，来不及逃跑的风间（真柴摩利 配音）和小新（矢岛晶子 配音）等人和飞船一起消失在了空中…

未来人歇鲁跑到日本的战国时代改变了历史，时空巡逻队铃可发现了异状，没想到在时光隧道中遭受到攻击，掉进二十世纪的小新家。铃可向野原一家求救，于是野原一家踏上时光之旅回到战国时代。

蜡笔小新-动感超人VS高衩魔

突然出现在野原家面前的时间和空间调查员,说时空发生了扭曲,不应存在的怪兽从怪兽的世界进入了现实世界.怪兽出现3分钟后.3分钟后的未来那个怪兽不被打倒,在现实里怪兽要出现……

小新与朋友们在公园玩耍，一名神秘女子，自称是小新未来的新娘，因为受到长大后的小新所托付，要带小新到未来去。风间等人觉得女子很可疑，为了救小新也跟到未来去。