故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本…

年轻人史奇对自己的技巧有点儿骄傲，他将成为外科医生，他认为能把妹妹从痛苦中解脱出来，虽然其他医生觉得手术太昂贵和无效果。…但史奇最后还是失去了妹妹。在车祸后，双手动不了的他变得抑郁，而现代科技起不了作用。他去了喜玛拉雅山…

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当狮子Alex等还在非洲悠闲度日时,四只企鹅已经回到纽约中央动物园执掌管理大权,与此同时他们还要执行各种秘密任务。

因为背上了变节者的恶名，年轻的英雄团队G.I.Joe被迫为了保卫自己的名誉，开始和眼镜蛇组织开战，那是一个看是仁慈的企业，企图重建世界新秩序。G.I.Joe为了和平、正义，同眼镜蛇开始了持久的战斗，他们风趣、幽默，动作迅捷，赢得了无数…