晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫…

浮现在太平洋上的美丽岛屿：“神海岛”。岛上世代相传着“海底沉睡着古代遗迹“海底宫殿”、300年前存在的2个女海盗“Anne·Bonny”、“Mary·Read”在那里留有宝藏”的传说……　　来神海岛渡假的柯南一行人与聚集在此地寻宝的“宝藏猎…

战国时代，一代名将直江兼续（浪川大辅 配音）在战场结识了织田军旗下的武将前田庆次（佐藤拓也 配音），对方勇武睿智、沉稳自信的表现给他留下深刻的印象进入江户时代，庆次厌恶主公谄媚织田信长的嘴脸，情愿沦为浪人，并以“天下第一倾…

经验丰富稳重可靠的贤狼赫萝（小清水亚美 配音）遇见了孤身一人独自旅行的商人罗伦斯（福山润 配音），两人结为了旅伴，携手踏上充满了未知的旅程。某日，他们从教会都市出发，前往赫萝的故乡约伊兹。途中，两人来到了正在举行着盛大祭奠…